のんびりと箱根の山間部を行く2両編成の電車。
社内には主人公の少年、碇シンジの姿があった。
彼は父に呼ばれ、第3新東京市に向かっていた。
が、突然停車する車両。山に木霊する警報音。
全市に発令される非常事態。
山稜から姿を現す、2体の巨人。
降車したシンジの目前で繰り広げられる巨人同士の格闘戦。
彼を救う、葛城ミサトの登場。
戦闘は、機械的な巨人『エヴァンゲリオン零号機』が、かろうじで(ママ)敵を撃退し、収拾される。
湖に沈降していく金属的な巨人『使徒・ラジエル』。
いずこかへ回収される中破した零号機。
ミサトの案内で街の地下深く造られた人工進化研究所にいくシンジ。
リツコやレイとの出合い。
数年ぶりの父との再会。
エヴァンゲリオン初号機と対面するシンジ。
彼は、その操縦者として選ばれたことを知る。
再度上陸する謎の敵、使徒『ラジエル』。
初号機の出撃準備が進む中、何もわからないまま父親や大人たちに従い操縦席に座るシンジ。
結果、満足に歩くことの出来ないまま、迎撃に出る初号機。
深夜の要塞都市、第3新東京市で対峙する2体の巨人。
その直後に人々は、自らが造り出した『エヴァ』の持つ力に、恐怖した。