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[98] 見送るマリ。同時に2号機、活動停止。
[99] 使徒、ピラミッド状の建物に対して攻撃。
[100] 発令所。
青葉 ： 地上施設、蒸発！。 第三基部に直撃です！ 日向 ： 最終装甲板融解！ ミサト ： まずい、メインシャフトが丸見えだわ！ リツコ . ： . 初号機はまだなの？
[101] 初号機のケイジ。ダミーを拒絶してもがく初号機。
オペ ： ダミープラグ、プラグ位置固定できません！ ゲンドウ ： もう一度だ。 もう一度 ３０８ からやり直せ！ オペ ： 了解。 もう一度 ３０８ からエントリースタート ゲンドウ ： 何故だ、なぜ私を拒絶する！、ユイ …… シンジ ： 乗せてください！ ゲンドウ ： シンジ …… シンジ ： 父さん！、僕をこのエヴァ初号機に乗せて下さい ゲンドウ . ： . 何故ここにいる シンジ ： 僕はエヴァンゲリオン初号機のパイロット、碇シンジです！
[102] 発令所
青葉 ： 目標はメインシャフトに侵入。 セントラルドグマ第12層を通過、ターミナルドグマに直進しています。 ミサト . ： . まずい、ここに来るわ。非戦闘員退避、急いで！ オペ ： 非戦闘員は退避！。繰り返す、非戦闘員は退避！
[103] 使徒侵入。発令所のメインモニターを突き破って突入してくる。
オペ . ： . 目標、第一発令所正面より侵入
[104] 使徒がミサトたち、発令所の目の前に。目が発光し始め、攻撃態勢。
ミサト ： くっ …… ミサト ： エヴァ初号機 …… 、シンジ君？ シンジ ： うわああああああああああああ シンジ ： ミサトさんッ ミサト . ： . 固定ロック全部はずして！
[106] しかし、コアを引っ張り出したところでエネルギー切れ、活動限界。
マヤ . ： . 初号機、活動限界です、予備も動きません！
[107] 徒、初号機を吊り上げる、そのまま攻撃。
シンジ ： ぐはっ …… ミサト . ： . シンジ君！
[108]停止したと思われたエヴァ。しかし、蛍光緑の部分が赤くなり、目だけが光る。
闇の中に赤く浮かび上がるシンジの目。再起動する初号機。
シンジ ： 綾波を …… 返せ …… ！ マヤ ： 動いてる …… 活動限界のはずなのに …… … ミサト ： 暴走 …… ？ リツコ ： わからない …… 一体何が、初号機に起こっているのか …… ミサト ： エヴァにこんな力が …… リツコ ： 初号機が人の域を超えている マヤ ： プラグ深度、180をオーバー！。 もう危険です！ リツコ ： やめなさい！、シンジ君！。 人に戻れなくなる！！ シンジ ： 僕がどうなったっていい、世界がどうなったっていい。 だけど綾波は …… せめて綾波だけは、絶対助ける！！ ミサト ： 行きなさい！、シンジ君！ リツコ ： ミサト！？ ミサト ： 誰かのためじゃない！ ミサト . ： . あなた自身の願いのために！！
