「新快速」は約450m先に停車。「新快速」の車掌と、約50m手前に停車した後続の特急「北近畿17号」(3027M)の運転士が現場に向かった。無線連絡を受けたJR西日本新大阪総合司令所の指令員が外側下り線の運行停止を指示した。 これら無線のやりとりは、大阪駅で待機していた京都発鳥取行きの特急「スーパーはくと11号」(61D）の運転士も聞いていた。指令員は、外側下り線を走行する新快速電車を内側線に振り替え、特急「スーパーはくと11号」を外側下り線に走らせるよう指示した。
19：12
、市立中学生2人が石垣の上のフェンス（高さ1.1m）を越え、JR東海道線塚本―尼崎間の線路内（上下２本ずつの線路が走る複々線、図2）に侵入。うち1人がフェンスに面した最も外側の下り線路内で大阪発姫路行き「新快速」(3643M)にはねられた（図3上図）。
19：15頃
、「新快速」の車掌が男子生徒を線路脇に運んで保護。指令員は各列車に「負傷者が線路脇にいる」と一斉無線で2回連絡。
19：20～27頃
、指令員が塚本駅へ救急車の派遣、JR尼崎駅員に現場出動を指示した。JR尼崎駅員3人が現場到着し中学生を確認、「新快速」の車掌から事故処理を引き継いだ。特急「北近畿17号」の運転士が、駅員に「徐行なら通れるか」と尋ね、駅員は「最徐行なら通れる、指令にも最徐行で通ることを伝えてくれ」と返答した。駅員も指令に状況を伝えようと携帯電話から発信を試みたが、つながらなかった。
19：30頃
、列車に残っていた「新快速」の運転士は、指令員から「運行再開は可能か」と聞かれ「可能」と返答。「現場の状況はどうか」には、「現場から離れているので分からない」と回答。指令員は、「新快速」の運転士に運行再開を指示、列車に戻った特急「北近畿17号」の運転士に、「現場を十分注意して運転し、支障の有無を指令に連絡するように」と要請し、「新快速」に続いて特急「北近畿17号」に運転再開を指示した。
19：34頃、
特急「北近畿17号」の運転士は、運転再開し最徐行で現場を通過した。
19：36
、特急「北近畿17号」の運転士は現場通過後、指令員に「現場に駅員がいるため、最徐行で」と無線連絡。指令員は「運転に支障はないか」と尋ねたところ、特急「北近畿17号」の運転士は「支障はない」と返答。指令員は、一斉無線で周辺の列車に「怪我された方がまだ線路脇にいる、注意して運転を」（「注意して運転」とは、普段以上に注意を払って運転することで、速度を落とすことを要求するものではない）と呼びかけた。
19：37～38、指令員が現場の駅員（52）の業務用携帯電話を通じて「新快速は内側、外側（事故線路）はまだ大阪を出ていないので5分くらいはない。次は、はくと」と連絡。駅員は、携帯電話で指令員に「進行方向左側にけが人がいる」などと伝達。駅員からの報告を受けた指令員は、事故で停車している列車の各運転士に対し、「駅員2人が現場に到着し、少年を保護した」との一斉放送を流した。淀川警察署員3人が相次いで現場に到着した。警官は現場の駅員に「運行状況は？」「電車は大丈夫か」と尋ね、駅員は「電車は大丈夫」「外に1本（事故のあった下り外側線路を特急「スーパーはくと」1本が通過の意味）。新快速は内に振った（外側下り線を走る「新快速」を内側の線に変更の意味）」と返答した。
19:39頃、指令員は再び一斉無線で周辺の列車に「怪我された方がまだ線路脇にいる、注意して運転を」と呼びかけた。
19：42、指令員は、大阪駅で停車中の特急「スーパーはくと」に進行信号を出した。
19：43頃、淀川消防署の消防・救急隊員6人が現場到着。救急隊員は警官に手招きされ、中学生の首をギプスで固定する作業を始めた。駅員は救急隊員が警察官と話をしているのを見ていたが、運転再開を救急隊員には伝えなかった。
19：43～、指令員は、「はくと」の運転士を個別無線で6回呼び出したが応答はなかった。
19：45、救急隊員2人が線路内に入り負傷した中学生を担架に乗せようとしていたところ、時速約105kmで通過した特急「スーパーはくと11号」にはねられた。救急隊員の1人は死亡、もう1人は重傷を負った（図3下図）。
原因 1.現場状況確認および情報連絡の不徹底（以下のことが重なった）
・運行を指示する指令員が、列車に戻った「新快速」の車掌から「けが人を保護し、駅員に引き継いだ」「運転再開に支障はない」との報告を受け取った際、中学生の保護が終わって安全な状態になったと誤判断、「新快速」については車両の最後尾が事故現場を通過しているため運行再開可能と判断してしまった
・駅員が携帯電話で指令に状況を伝えようとするも、携帯電話の扱いに不慣れ（推定）で、つながらなかった。
・特急「北近畿17号」の運転士と指令員との不正確な連絡で、指令員が「安全な場所で救助作業が行われている」と思い込み、「後続列車の通常運転に支障なし」と判断してしまった。
・駅員から指令員への報告で、けが人がいる場所が線路とフェンスの間であることを含んでいなかった。
・救急隊員は駅員から運転再開の状況を知らされていなかった。駅員は、救急隊員が警察官と話をしているのを見て、救急隊員は警察官から運行再開の状況を知らされたと勝手に思い込んでしまった。
・駅員が警官との会話に鉄道の専門用語を使ったため、正しく情報が伝わらなかった。
2.JR西日本の運転指令用のハンドブック「指令員必携」(大型バインダー型の手引書で、運転指令担当の社員全員に配付)には、列車の運用方法の基本的な決まりやダイヤの見方、各指令所の管轄エリアなどが書かれているが、人身事故の際の対応の手順などについては、現場の駅員の判断に委ねる部分が大きく規定されていない。また、事故時に指令所が列車乗務員と連絡を取り合うことは定められているが、事故対応を引き継ぐ現場派遣の社員との連絡は規定されていなかった。
3.JR西日本の「運輸・車両関係触車事故防止要領」では、ポイントの清掃や除雪など、レールの中心から3m以内で作業を行う際、列車との衝突を防ぐため見張り役の列車接近連絡員を置くことなどを定めているが、人身事故の処理は対象外であった。 列車接近連絡員は通常、現場から数十～数百m手前で監視しており、連絡員を配置していれば避難できた可能性があった。
